内部审计针对不同的行业和领域表现出特定的审计内容：
对医疗卫生行业
【医疗收费监控】
在系统中预设医疗收费物价考核指标标准，对医疗收费系统进行实时跟踪、监督。如果医疗收费系统的处理出现背离相应标准指标的情况，这些数据就会在监控程序中向监督人员发出信号或消息。
【医疗设备监控】
系统可以对大型医疗设备的使用情况进行监督, 再结合医疗收费监控，可以对大型医疗设备的收费进行控制，防止医疗设备漏费、私收费现象的发生；同时，方便医院领导对大型医疗设备的使用及收入情况进行了解。
【药品物价监控】
系统中药品物价实时监控，是通过相关监控程序对库存系统中日常核算数据进行实时跟踪、监督来实现的。如果库存核算系统的处理出现背离监控界限或参数的情况，这些数据就会在监控程序中向监督人员发出信号或消息。
对行政事业单位
【预算执行监控】
系统具自动读取预算系统的功能，根据设定的预算项目和财务数据的对应关系，实现财务数据与预算数据、财务指标与预算数据、预算指标的对比分析和穿透式查询，找出差异的原因，并对预算执行情况进行预警定义，实现多种等级的预警提示。
【专项经费监控】
通过设定专项经费来源总额和分项金额以及支出总额和分项金额来检查专项经费的来源和支出的执行情况；检查收支执行情况是否存在超支现象，检查专项经费支出是否存在串户和不规范核算情况。
对制造行业
【存货库龄监控】
通过对原材料、半成品、库存商品等存货的库存业务进行监控，及时反映企业的库存结构、资金占用、积压数量、积压时间，使企业库存管理人员能及时掌握、调整库存周转频率，盘活积压资金，既保障库存物资及时供应生产的需求，又防止过度积压，提高资金使用效率。
【销售业务的监控】
通过对销售业务的监控，使销售数据在系统中实时更新，这样可以及时对销售的收入、单位成本、单位利润等销售数据进行分析，使企业管理人员能及时掌握市场状况，尤其是同一产品在不同市场的销售价格等情况，以便做进一步的市场战略调整。
【财务监控】
系统中财务系统的时监控，是通过相关监控程序对财务核算系统中日常核算数据进行实时跟踪、监督来实现的，如果财务核算系统的处理出现背离审计界限或参数的情况，监控程序会自动向审计人员发出预警信号或消息。
【财务规范性控制】
现金坐支监控：可以根据定义的现金坐支检查公式进行监控。
异常凭证监控：审计人员可以根据会计制度和内部财务制度的规定自行定义异常凭证中的科目对应关系，凭证发生时系统可以及时提示并记录这些异常对应关系凭证，并提示这些异常凭证所涉及的内控制度缺陷。
【财务分析监控】
可以允许设置以及组合财务分析工具提供的方法，定义分析的标准，以及违反标准的结论，形成具体的分析方案，并且每一条分析，可以预先设置其分析结果，通过分析的结果可以发现管理过程中发生的问题。
【经济指标监控】
可以通过系统定义好的经济指标，设置指标数值范围、指标数值趋势、指标同比数、指标预算数的控制.
【大额收支监控】
通过对现金、银行存款账户大额收支监控限额的设定，对收支的金额过大或数量过多时，监控程序会自动向审计人员发出预警信号。
【审计作业监控】
帮助审计工作人员依照法律规定和企业授权开展审计监督作业，实时监控，及时预警和查处违法违规问题。
【重大疑点监控】
通过设置疑点分类监控的方法，将在审计作业过程中发现的审计疑点根据重要性原则进行监控提示，帮助审计主管明确审计详查的方向。
【重大违规金额监控】
通过设置违规金额分类标准的方法，监控在审计作业过程中查清的违规金额，帮助审计主管根据重要性原则进行监控提示，提示审计主管审计项目在违规金额方面的重大程度。例如：违规金额超过10万元以上时系统向审计人员发出监控预警信息。
【违规问题监控】
通过对违规问题设置重要性标准的方法，监控在审计作业过程中违规问题的属性和重要性，帮助审计主管判别问题严重性程度，提示审计主管审计项目在违规问题方面的严重程度。例如：违规问题属于贪污或小金库等严重违法违规时，系统向审计人员发出监控预警信息。
【审计作业进度监控】
通过对审计作业实际进度和计划进度进行比较的方法，并设置计划进度，完成差异监控指标，对审计作业进度进行监控，当出现较大差异时，及时进行监控提示，帮助审计主管及时了解在审计作业中可能存在的问题及严重程度。例如：实际进度明显落后于计划进度30%时，系统向审计人员发出监控预警信息。