(1)采用制度基础审计方法，审查税收征管制度是否健全、有效。
为了做好征税工作，各税务机关均应建立健全税收征管制度，并认真贯彻执行。税收征管制度是否健全、有效，直接影响税收征管工作的质量和效率。开展税务审计时，首先应对税务登记、纳税鉴定、纳税申报、违章处理、票据管理等税收管理制度是否健全、有效，进行调查和测试，然后根据调查测试结果，进行审计评价，查明税收管理制度中存在的薄弱环节和存在的问题，确定税务审计范围和重点；再据以进行深入、细致的税务审计。这样，就可以减轻审计业务量，节省审计时间，保证审计质量。因此，正确运用制度基础审计方法是提高税务审计质量和效率的基础。
(2)采用审计检查方法，审查与税收有关的会计资料和财实物是否真实、合法、合理。
为了如实反映征税和纳税情况，征税和纳税单位均应设有各种凭证、账簿和报表。开展税务审计时，应采用审阅、核对、详查或抽查等方法，对会计资料进行审查。借以查明征税或纳税活动是否真实、合法、合理，以及存在的具体问题，对已查实的问题应及时取证。并对已取得的证据，进行鉴证和综合，使之逐步形成证据体系。只有取得了充分有效的证据，才能查明和证实问题。因此，正确运用审计检查方法，是在税务审计中查明和证实问题的必要手段。
(3)采用审计分析方法，查明征税和纳税中存在问题及其原因。
要查明征税与纳税中的问题，不仅用审计检查方法还要用审计分析方法，问题越复杂，审计分析方法应用得越多。尤其是对已查出的问题，还应选用恰当的分析方法，逐一分析、查明具体原因。对复杂的问题，应分析各种原因对问题形成的影响程度，抓住主要矛盾，突出重要原因；然后，针对具体原因，找出具体解决办法，形成审计意见和建议。在实际工作中，对问题分析得越具体，提出的审计意见和建议就越切实可行；越是切实可行的审计意见和建议，越能提高审计效果。因此，正确运用审计分析方法，是提高税务审计效果的有效手段。